Kondisi cuaca pada saat kejadian adalah hujan sedang hingga lebat yang disertai petir dan angin kencang.

Curah Hujan harian tertakar di Pos Hujan Lanud Leo Watimena Morotai Selatan pada tanggal 08 April 2024 sebesar 3.6 mm. 

Banjir yang terjadi di Desa Sopi dan Sopi Majiko, Kecamatan Morotai Jaya, Kabupaten Pulau Morotai, Maluku Utara pada tanggal 07 April 2024 diakibatkan karena adanya curah hujan yang tinggi selama kejadian. Hujan yang turun pada tanggal 07 April 2024 disebabkan  oleh awan Cumulonimbus yang mulai muncul pada pukul 03.10 UTC atau 12.10 WIT dan bertumbuh di lokasi kejadian pada pukul hingga pukul 13.00 UTC. Diduga kuat awan tersebut tumbuh karena pengaruh  adanya konfluen di wilayah Maluku Utara. Dari hasil analisis kelembaban, menunjukan kondisi kelembaban udara lapisan 850 dan 700 mencapai 90 – 100 % . Hal ini diperkuat oleh hasil analisis indeks labilitas yang menunjukkan massa udara pada lokasi kejadian cukup labil. Hal ini menunjukkan potensi peningkatan aktivitas pertumbuhan awan hujan konvektif dengan jenis Cumulonimbus yang berpotensi terjadi hujan dengan intensitas lebat disertai petir dan  angin kencang.