Banjir di Halmahera Tengah diakibatkan oleh turunnya curah hujan dengan intensitas lebat. Hujan tersebut diakibatkan oleh kondisi suhu muka laut hangat yang berpotensi terjadi intensifikasi penguapan tinggi. Pertumbuhan awan tersebut juga disebabkan oleh adanya belokan angin dan konvergensi yang cukup tajam di Halmahera Tengah. Hasil analisis kelembaban menunjukan kondisi kelembaban udara permukaan basah mencapai 90 – 100%. Hal ini diperkuat oleh indeks labilitas yang menunjukkan massa udara labil yang berpotensi tumbuhnya Thunderstorm di lokasi kejadian. Hal ini menunjukkan potensi peningkatan aktivitas pertumbuhan awan hujan konvektif termasuk jenis Cumulonimbus yang berpotensi terjadi hujan dengan intensitas sedang – lebat. Hujan yang turun pada tanggal 13 September 2023 disebabkan oleh Awan Cumulonimbus yang mulai muncul pada pukul 00 UTC atau 09 WIT dan mengalami pergerakan ke arah barat menuju titik lokasi kejadian hingga pukul 07 UTC atau 16 WIT mengalami peluruhan.